请教大家关于报关发票的问题

tracy_wang2009

本人打算报考2010年的报关员考试，刚加入论坛不久，现在在一个中小进出口工厂做外贸助理，我们工厂没有报关，单证方面的专门人员，老板娘在负责这方面的事情。我最近发现一个问题不是很懂，希望大家能帮我解答一下：
  我们出货都是做两套发票，我们的贸易条款是CIF,给老外的发票是按照CIF条款做的，实际出货金额是多少就是多少，但是给海关报关的发票又是做的FOB，这样扣除运费和保费后，发票金额自然比实际出货金额也就是CIF少了，所以在海关报关的金额跟我们实际收汇金额是不一样的，要少点，这样没有什么关系的么？可以的么？
希望各位大虾能帮我解答一下了，谢谢！